La visite débute dans de monumentales galeries souterraines. Elles relient deux puits équipés d’un système de pompage, toujours en état de marche, qui permettait de puiser l’eau salée à travers un banc de sel gemme situé à plus de 200 mètres de profondeur.
Suivant le fil de la matière, le visiteur accède ensuite à la salle des poêles où l’eau était chauffée pour en extraire le sel après évaporation. La visite se poursuit par le musée du Sel et un espace dédié au jeune public.
Servi par une mise en scène raffinée, le musée du Sel propose également une projection de films et une collection d’objets techniques qui aident à mieux comprendre la dimension millénaire de l’industrie salinière comtoise.

Enfin, la Grande Saline de Salins-les-Bains est intimement liées à sa sœur d’Arc-et-Senans par un saumoduc de 21 kilomètres de long, construit au XVIIIe siècle pour acheminer la saumure jusqu’à la nouvelle saline royale.
Le 27 juin 2009, les deux salines se sont rejointes sur la liste du patrimoine mondial de l’UNESCO.

Les visites de la Grande Saline sont guidées et suivies d’une visite libre du musée du Sel.